中国水利工程协会是经中华人民共和国国务院批准，民政部注册，水利部主管，由全国水利工程建设管理、施工、监理、运行管理、维修养护等企事业单位及热心水利事业的其他相关组织和个人，自愿结成的非营利性、全国性的行业自律组织，旨在团结广大会员遵守宪法、法律、法规，贯彻执行国家有关方针政策，维护会员的合法权益，起到联系政府与会员之间的桥梁与纽带作用。
中国水利工程协会理事会常设办事机构为秘书处，负责处理协会日常工作，实行理事会领导下的秘书长负责制。秘书处内部机构有综合与会员管理部、资格资质管理部、自律监管部、政策研究与信息服务部。