蓝藻没有叶绿体。因为蓝藻是原核生物，细胞中只有核糖体一种细胞器，蓝藻仅有十分简单的光合作用结构装置。蓝藻细胞遗传信息载体与其它原核细胞一样，是一个环状DNA分子，但遗传信息量很大，可与高等植物相比。
有些生物，没有叶绿体，但是有叶绿素等光合色素，具有与光合作用有关的酶，与膜结构可以进行光合作用。蓝藻是一种原核生物，原核生物没有真正的细胞核，没有细胞器，也就没有叶绿体，却可以进行光合作用，除此之外，还有蓝球藻、颤藻，念珠藻和发菜。
蓝藻虽无叶绿体，但在电镜下可见细胞质中有很多光合片层，叫类囊体，各种光合色素均附于其上，是含有色素的膜性结构，大大增加了细胞内的膜面积，该结构的主要功能是：进行光合作用。
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