1998年，时逢北京大学百年校庆，已身为国家领导人的丁石孙到校出席纪念活动。介绍贵宾时，当他的名字被念出，全场响起了极为热烈的掌声。季羡林发表讲话时说，北大历史上有两位校长值得记住,一位是蔡元培，另一位是丁石孙。
晚年，因为身体原因，丁石孙深居简出，也很少发表言论。在接受央视采访时，丁石孙曾说：“我是个失败的校长，因为我心目中理想的、好的学校，不是这样的，没有达到。”
记者说，后来常常有人追忆那时的北大。丁石孙笑笑：“我运气比较好，因为1988年确实是北大达到很高水平的一年。”他觉得，那种精神的魅力，是“不太容易消失的”。记者追问：“你的信心会因此失去吗?”丁石孙抬起手，放在领带上：“那就不是我能做的，我从历史上已经过去了。”
2016年1月底，北京大学86级学生派了几个代表，看望正在住院的丁石孙。他们带了一束花、一张卡片和一首诗。卡片上说：“感谢您给了我们北大历史上最好的几年。”丁石孙眼睛看不见了，他们就读给他听：
遥记当年初相见，我正少年君英年。
五湖四海风云会，一世之缘结燕园。
风度翩翩谆谆语，当日风华如昨天。
可叹流年如水转，一去经年改容颜。
千山万水追寻遍，为觅梦境过千帆。
虽经九转而未悔，犹抱初心何曾变。
长揖一拜谢师恩，弟子沾巾不复言。
心香一瓣为君祈，福寿安康复翩翩。
89岁的丁石孙已口不能言，却听得清学生说的每句话。几个女同学俯下身去，拉住他的手。他睁着眼睛，轻轻地点了点头。
我的校长丁石孙
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