tcga数据库 TCGA数据库讲解与数据下载

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tcga数据库 TCGA数据库讲解与数据下载

发布时间:2021-06-02 07:00:02

在前几期中,盛鑫草堂与大家分享了一篇关于TCGA数据下载的文章。小白说,TCGA仍然高深莫测,找不到下载地址,也无法理解数据格式。今天,边肖将从头开始,告诉我们所有关于TCGA的数据库和下载方法,并希望每个人都能好好利用这个宝库。

TCGA 是一个非常重要的癌症数据库,主要包含各种人类癌症的临床数据、基因组变异、mRNA表达、miRNA表达、甲基化等数据,是癌症研究人员的重要数据源。

首先,TCGA官网:https://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview

1.数据级别:

TCGA存储的数据可分为三个级别:

第一级:原始测序数据。)

级别2:比较bam文件

第三级:是经过处理和标准化的数据

1级和2级文件非常大。下载的话可以用官方小工具:GDC Data Transfer Tool,然后再对比一下调用突变,或者提取计数数据进行差分表达式分析。

2.数据权限

一级和二级数据为控制访问,三级数据为部分控制访问,其余开放下载。如果你想下载的数据级别显示为“未授权”,则意味着不能直接下载,需要先向TCGA申请许可。

例如:

理论上,限制下载的数据可以通过申请dbgap账户下载,但是申请这个账户需要NIH/NCI资质审查和eRA账户ID ,所以一般只有国外的PI可以申请审批。所以对于小白来说,这基本上是行不通的,所以边肖建议乖乖地下载3级数据。

3.三级数据下载

主要有两个TCGA 3号数据下载网站:

① TCGA官方数据门户:portal.gdc.cancer.gov

优点:数据最全,更新最快

缺点:每个样本是一个单独的文件。如果下载某个癌症的RNA数据,要下载几百个文件然后合并。

下载方法介绍:

在主页上搜索您想要下载的癌症类型

以表达数据为例,可见LUAD共有515个case有RNA-Seq数据,点击进入。

可以过滤左边的样本,点击右边的数字下载Expression数据、Clinical数据和Annotation 。

注意表达数据可以分为三种:HTSeq-Counts、HTSeq-FPKM、HTSeq-FPKM-UQ。计数是未经数据后台处理的原始表达量,而FPKM和FPKM-UQ是对两类数据进行标准化处理后的数据。一般下载计数为差分表达式,下载后再合并所有样本,使用DESeq。

UQ计算方法:

消防软管服务器:gdac.broadinstitute.org

优点:数据也来自portal.gdc.cancer.gov,但是同癌同型的数据合并在一起,超级方便,不需要合并数据,一键下载即可。

下载方法介绍:

点击LUAD对应的数据-浏览

等一下,LUAD项目所有样本的合并三级数据都会弹出来,点击文本就可以下载,非常方便快捷。当然也可以下载临床资料等。,并得到你所需要的。

今天,边肖将向你介绍这么多。当然还有其他下载方式和一些TCGA在线分析工具,不用下载数据就可以分析。下次边肖会把你介绍给你。

盛鑫草堂

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